Pour sniffer des ports séries :
http://www.microsoft.com/technet/sysinternals/utilities/portmon.mspx

Pour sniffer des ports USB :
http://benoit.papillault.free.fr/usbsnoop

Et pour ceux qui développe pour des cartes à puce, pour sniffer les APDU :
http://www.fernandes.org/apduview/index.html