Il y a websequence pour les diagramme de séquence type UML, très sympa :
http://www.websequencediagrams.com/
Un exemple un peu plus complet : http://www.francoistessier.info/blog/2010/09/10/diagrammes-de-sequence-avec-websequencediagrams-com/

Et Ajax Graphvix qui génère plus des flowcharts, mais pas encore tout à fait des Organigramme de programmation :
http://ashitani.jp/gv/#

Une liste de 7 outils ici,aucun totalement convainquant :
http://www.visual-blast.com/online-tools/7-free-online-tools-for-creating-flow-charts-diagrams-floor-plans-and-more/
Peut-être que sur la base directement de Graphvix, on améliorer ce qui existe.
http://www.graphviz.org/

Une liste orienté mind mapping : http://fr.mashable.com/2007/11/04/30-outils-de-mind-mapping/
Donc celui-ci en javascript : http://www.bubbl.us/edit.php