Il existe un portage de fpdf :
http://sourceforge.net/projects/javafpdf/

Sinon probablement le mieux est PDFBox :
http://sourceforge.net/projects/javafpdf/

Ou bien iText (avec les inconvénients d’une licence qui n’est plus très ouverte, GPL avec clause web, ou bien commercial) : http://itextpdf.com/