Il existe pour les standard web services récent :
– jax ws 2 dans JDK 6 :
qui support MTOM entre autres : http://vzurczak.wordpress.com/2010/09/28/mtom-is-not-working/
Cette implémentation de référence JAX-WS RI est dans le projet METRO :
http://en.wikipedia.org/wiki/GlassFish_Metro : Metro is bundled with Java SE 6 et reprise dans GlassFish, JBoss, etc.
– Apache CXF : http://cxf.apache.org/
http://www.objis.com/formation-java/tutoriel-web-services-installation-apache-cxf.html

Il y a aussi du support pour tout cela dans WebSphere : http://publib.boulder.ibm.com/infocenter/wasinfo/v6r1/index.jsp?topic=%2Fcom.ibm.ws.jaxws.emitter.doc%2Ftopics%2Frwsandoc004.html&resultof=%22MTOM%22%20%22mtom%22